Un’importante causa dell’inquinamento delle acque dolci sono gli scarichi di materiale organico. La decomposizione di sostanze organiche consuma l’ossigeno contenuto nell’acqua, a volte fino a far morire i pesci dei fiumi; inoltre può provocare l’eutrofizzazione delle acque.

Le principali fonti di inquinamento organico sono: le fogne delle città, gli allevamenti, le industrie e l’agricoltura:

• Le fogne delle città. I liquami che si trovano nelle fogne contengono grandi quantità di escrementi umani, perciò dovrebbero passare attraverso impianti di depurazione prima di essere scaricati nei fiumi purtroppo, in Italia meno della metà degli scarichi vengono depurati. I liquami fognari possono contenere microrganismi che provocano alcune malattie (colera, salmonellosi, ecc.). Una persona rischia di ammalarsi se ingerisce questi organismi (può capitare facendo il bagno nel fiume o mangiano molluschi contaminati).
   

• Gli allevamenti. Negli allevamenti, gli escrementi vengono lavati via con l’acqua, i liquami così ottenuti vengono in parte utilizzati come fertilizzanti, in parte invece riversati nei fiumi.
   

• Le industrie. Alcuni tipi di industrie, per esempio quelle alimentari, scaricano materiali organici direttamente nei fiumi.
   

• L’agricoltura. I fertilizzanti, sia chimici che naturali, possono inquinare i fiumi. Le numerose sostanze utilizzate in agricoltura non restano solo sul suolo o sulle piante. Quando la pioggia dilava il terreno, una parte di essa finisce sui canali di scolo e da qui ai fiumi e poi al mare. Quando l’acqua piovana (o anche quella d’irrigazione) filtra nel terreno, tralascia lentamente un’altra parte di queste sostanze in profondità, fino alle falde acquifere da cui si prende l’acqua per bere, che potrebbe divenire non potabile a causa dei nitrati e dei fosfati rilasciati dai fertilizzanti chimici utilizzati sul terreno.
  
  Anche l’azione dei pesticidi (detti anche fitofarmaci) possono contaminare falde acquifere, l’acqua potabile e il cibo. Non sono tuttavia ancora noti gli effetti sull’uomo, pur essendo in ogni caso sostanze nocive.
  
  A questo problema si viene incontro utilizzando la coltivazione biologica, che però a causa dei raccolti più scarsi si hanno dei prezzi relativamente elevati.